Прохождение игры Black Mesa в жанре шутера от первого лица. Как и в оригинальной игре Half-Life, игрок берёт на себя роль Гордона Фримена, одного из учёных исследовательского комплекса «Чёрная Меза», который, из-за случившегося инцидента, должен устранить угрозу инопланетного вторжения. События игры происходят как в стенах подземного научного комплекса, так и на его поверхности, а позже — в инопланетном фантастическом мире Зен. Игра имеет линейную структуру — окончание каждого уровня является началом следую