Como fazer docking com PLANTS | Molecular docking with Protein-Ligand ANTSystem #dockingmolecular

Olá, tudo bem? Neste vídeo, vou ensinar como instalar e executar o Protein-Ligand ANT System (PLANTS), um programa para docking molecular. Ele é uma alternativa eficaz para avaliar a interação entre ligantes e proteínas, utilizando um modelo baseado na otimização por colônia de formigas.

Comparado a outras ferramentas, o PLANTS apresenta uma taxa de sucesso superior na análise de interações envolvendo metais, tornando-se uma excelente opção para estudos em química computacional.

00:00 - 02:46 Introdução
02:46 - 06:42 Instalação do PLANTS
06:42 - 12:15 SPORES para separação das moléculas do PDB
12:15 - 16:08 Coordenadas para o docking (PLANTS ou SWISSDOCK)
16:08 - 19:15 Ajuste do ligante e da proteína pelo OpenBabel
19:15 - 22:28 Preparo dos parâmetros e execução do docking
22:28 - 26:08 Análise dos resultados

Links:
PLANTS Github: https://github.com/purnawanpp/plants?tab=readme-ov-file
SwissDock: https://www.swissdock.ch/

Referências:
KORB, O.; STÜTZLE, T.; EXNER, T. E. PLANTS: Application of Ant Colony Optimization to Structure-Based Drug Design. Ant Colony Optimization and Swarm Intelligence, p. 247–258, 2006.

TIM TEN BRINK; EXNER, T. E. Influence of Protonation, Tautomeric, and Stereoisomeric States on Protein−Ligand Docking Results. v. 49, n. 6, p. 1535–1546, 19 maio 2009.

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