Молекулярное баркодирование, анализ репертуаров Т-клеточных рецепторов и антител | Дмитрий Чудаков

Летняя школа 2016 | Медицинская биоинформатика: http://bioinformaticsinstitute.ru/summer2016

Заведующий лаборатории геномики адаптивного иммунитета в Институте биоорганической химии РАН, руководитель группы адаптивного иммунитета в CEITEC MU, Masaryk University (Brno, Czech Republic).

Высокопроизводительное секвенирование интересующих фрагментов генома (targeted resequencing) потенциально позволяет проводить глубокий анализ, выявляющий присутствие в образце редких подвариантов последовательностей, а также дающий полную картину о структуре разнообразия последовательностей в образце.
Однако, «бутылочные горлышки» на стадиях получения и приготовления образцов для массированного секвенирования, количественные искажения, связанные со стохастической природой ПЦР, неравной эффективностью амплификации и секвенирования различных последовательностей, а также накопление ошибок ПЦР и собственно секвенирования, существенно ограничивают возможности такого анализа.
Уникальное молекулярное баркодирование (unique molecular bacrodes, unique molecular identifiers, UMI) позволяет радикально повысить качество секвенирования, в том числе протяженного, эффективно корректировать накопленные ошибки без потерь реального разнообразия вариантов, устранить количественные искажения, а также практически идеально нормировать образцы для сравнительного анализа.
В лекции рассказывается о том, как работают подходы на основе молекулярного баркодирования с примерами из личного опыта работы с репертуарами рецепторов иммунных клеток – Т-клеточных рецепторов и антител.

Слайды: http://bioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/2807chudakov.pdf
Институт биоинформатики: http://bioinformaticsinstitute.ru/

Видео Молекулярное баркодирование, анализ репертуаров Т-клеточных рецепторов и антител | Дмитрий Чудаков канала Bioinformatics Institute | Институт биоинформатики