Кто-нибудь сталкивался с проблемами учета товаров на маркетплейсах? Как с этим справиться?

Да, бывает сложно, особенно когда ассортимент растет. Рекомендую обратить внимание на Topseller https://topseller.ru/ — там есть удобный инструмент для автоматизации учета товаров.