Надеемся что скоро сможем заключить контракт по гособоронзаказу. Надо ли при этом будет открыть отдельный счет? Или достаточно будет тех что у нас сейчас есть?

А зачем собственно будет открывать дополнительный счет? Если только в каком, то специальном банке, Министерство обороны не будет работать например с Тиньковым.

Если заказчиком является Минобороны, то вам обязательно надо будет открыть отдельный счет по гособоронзаказу. Эта норма зафиксирована законом и ее никак нельзя не выполнять. Но по таком чету можно проводить только определенные операции. Здесь можете прочитать более подробном об этом https://rugoz.ru/275fz